ศูนย์เมอร์ซี่ เป็นมุมสงบ ร่มรื่น ตั้งอยู่กลางชุมชนแออัดคลองเตย มีสวนหย่อมเขียวขจีตลอดทั้งปีด้วยพรรณไม้นานาชนิด  มีสนามหญ้าและหลุมทราย สำหรับเด็กๆได้ใช้ชีวิตสนุกสนานเพลิดเพลิน และสรรสร้างจินตนาการตามวัยของตน

เดิมที่ ศูนย์เมอร์ซี่เป็นอาคารไม้เล็กบนที่ดินของการท่าเรือแห่งประเทศไทย ตลอด
ระยะเวลา 30 ปี ที่ผ่านมามีการปรับปรุงอาคารให้เหมาะสมกับปริมาณงาน  จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2543 ได้มีการก่อสร้างอาคารถาวรด้วยเงินบริจาคของผู้มีจิตศรัทธาท่านหนึ่ง เพื่อให้เรามีสถานที่ทำงานที่เหมาะสมและสามารถรองรับปริมาณงานที่เพิ่มขึ้น