ศูนย์เมอร์ซี่ประกอบด้วย บ้านพักสำหรับเด็กเร่ร่อน สถานสงเคราะห์เด็กเมอร์ซี่ ศูนย์สุขภาพและอนามัยชุมชน บ้านแม่และเด็กผู้ได้รับผลกระทบจากเอดส์ ศูนย์เด็กปฐมวัยล็อค 6 และสถานที่ประชุมของชุมชน

ศูนย์เมอร์ซี่ เป็นมุมสงบ ร่มรื่น ตั้งอยู่กลางชุมชนแออัดคลองเตย มีสวนหย่อมเขียวขจีตลอดทั้งปีด้วยพรรณไม้นานาชนิด มีสนามหญ้าและหลุมทราย สำหรับเด็กๆได้ใช้ชีวิตสนุกสนานเพลิดเพลิน และสรรสร้างจินตนาการตามวัยของตน

เดิมที่ ศูนย์เมอร์ซี่เป็นอาคารไม้เล็กบนที่ดินของการท่าเรือแห่งประเทศไทย ตลอด ระยะ เวลา 30 ปี ที่ผ่านมามีการปรับปรุงอาคารให้เหมาะสมกับปริมาณงาน จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2543 ได้มีการก่อสร้างอาคารถาวรด้วยเงินบริจาคของผู้มีจิตศรัทธาท่านหนึ่ง เพื่อให้เรามีสถานที่ทำงานที่เหมาะสมและสามารถรองรับปริมาณงานที่เพิ่มขึ้น